Op dit moment weet de neurochirurg tijdens de operatie nog niet om wat voor type hersentumor en welke mate van agressiviteit het precies gaat. De exacte diagnose is meestal pas één week na de operatie beschikbaar, nadat het tumorweefsel visueel en moleculair is geanalyseerd door de patholoog.
Onderzoekers van UMC Utrecht ontwikkelden een nieuw deep learning-algoritme waardoor dat lange wachten niet meer nodig is. Dr. ir. Jeroen de Ridder, onderzoekgroepsleider binnen UMC Utrecht en Oncode Institute op de site van UMCU: ‘Recent is nanopore sequencing beschikbaar gekomen, een technologie om DNA realtime uit te lezen. Wij ontwikkelden daarvoor een algoritme dat kan leren van miljoenen gesimuleerde realistische “DNAsnapshots”. Hiermee zijn we in staat binnen twintig tot veertig minuten het tumortype vast te stellen. En dat is snel genoeg om eventueel de chirurgische strategie aan te passen.’
Het algoritme werd getraind en getest met behulp van de biobank. Vervolgens werd het hele proces ook diverse malen tijdens echte hersenoperaties uitgevoerd, van afname van het weefsel in de operatiekamer tot vaststelling van het tumortype. Dit gebeurde in Utrecht bij kinderen, en in Amsterdam bij volwassenen. De totale tijdsduur bleek zestig tot negentig minuten.
