Emiel Rutgers was sinds 1987 werkzaam in het Antoni van Leeuwenhoek en het daaraan verbonden onderzoeksinstituut, het Nederlands Kankerinstituut. Zowel binnen als buiten het ziekenhuis onderscheidde hij zich in zijn deskundige en persoonlijke zorg voor met name patiënten met mammacarcinoom.
Naast zijn dagelijkse werkzaamheden zette hij de polikliniek Familiaire tumoren op. Ook was hij jarenlang hoofd van de borstkankergroep en de chirurgie-afdeling. Daarnaast begeleidde hij tientallen studenten en promovendi. Met ruim 650 publicaties is hij wetenschappelijk nationaal maar ook internationaal van grote waarde geweest.