Ze was tot 2002 minister van Volksgezondheid in respectievelijk Paars I en II. En hoewel dr. E. Borst-Eilers al zeven jaar ‘pensioengerechtigd’ is, werkt ze nog steeds volop. Zo is ze onder andere voorzitter van de Nederlandse Federatie van Kankerpatiëntenverenigingen (NFK). ‘De kracht van de NFK is dat politici gevoelig zijn voor het persoonlijke verhaal. Dat maakt veel indruk.’
Op 20 oktober 2004 kwam Els Borst weer even in het nieuws: ze ontving de WHO-prijs 2003. Deze prijs werd aan haar toegekend omdat ze zich als minister van Volksgezondheid inzette voor een – sterk – anti-rookbeleid. ‘Dat beleid had ik niet zelf verzonnen, hoor’, relativeert ze. ‘Het was Europees beleid. Maar in tegenstelling tot sommige andere Europese ministers heb ik dat beleid met vuur verdedigd. Op een paar punten hebben we echter water bij de wijn moeten doen. Maar het verbod op tabaksreclame, de waa